Você joga como Naruto ou um de seus amigos e enfrenta criminosos de Rank S, como Orochimaru e membros da Akatsuki, enquanto explora terras distantes em seu caminho para se tornar o maior ninja de todos os tempos! Você começa o jogo com apenas habilidades básicas, porém irá conseguir aliados, ganhar equipamentos, gerar Chakra e dominará poderosas técnicas com o objetivo de derrotar o máximo de arqui-inimigos possíveis. O jogo utiliza a mecânica de Construção de Baralho (Deck Building) "Cerebus", criado pela Cryptozoic, no qual os jogadores utilizam "Poder" para adquirir ou derrotar cartas disponíveis. Porém, também introduz um novo elemento, o Chakra, uma nova fonte de energia para seus personagens e para muitas das cartas que você joga.